测序文库的定量分析和质量评价对于获得高质量的核酸测序数据十分关键。因为：
1.如果测序文库拷贝数偏低，将不能获得足够的测序数据，导致降低数据产出;
2.如果测序文库拷贝数过高，将产生低质量的测序数据，甚至会导致测序失败。
因此，要控制NGS测序仪上测序文库的载入量，保证测序数据的质量，就需要在测序前对DNA测序文库进行定量分析。
常用的文库定量方法有紫外分光光度法、荧光染料法以及实时荧光定量PCR法。
核酸，包括DNA和RNA，均由核糖、磷酸基以及碱基构成。其中，由于碱基含有芳香环结构，因此具有紫外吸收的特性。核酸的紫外吸收峰在260nm处，与此同时，还能通过计算A260/A280和A260/A230的数值，估计核酸的纯度。（280 nm吸光通常来自蛋白质，而230 nm则通常来自糖类和苯酚等）。
但是紫外分光光度法无法区分DNA和RNA，因为具有紫外吸收的结构是核酸的碱基，而DNA和RNA均含有碱基，因此当一份样品同时含有DNA和RNA的时候，测定浓度会高于其真实浓度。
使用靶标特异性染料，该染料可以特异地与不同种类的核酸链相结合，并在特定波长光源的激发下，发出荧光。其中，结合了核酸的荧光染料，相比那些游离的，信号可增幅数十倍至数百倍，因此可以和背景区分开来。在测量过程中，首先将待测DNA样品与荧光染料混合，荧光染料会与DNA结合，形成荧光复合物。然后，将混合物放入Qubit测量仪器中，仪器会通过激光激发荧光复合物，使其发出荧光信号。Qubit测量仪器会根据荧光信号的强度自动计算出DNA的浓度，基本是测序实验室的标配仪器。
目前，双链和单链DNA、RNA及蛋白质均有特异的荧光染料，无需专门纯化样品，或者在未知污染程度的情况下，使用Qubit可以方便地得知浓度信息。
qPCR法利用荧光检测技术与PCR技术相结合，在PCR反应体系中加入荧光基团，通过实时监测整个PCR过程中荧光信号的变化情况，反映浓度的变化，*后通过已知浓度的标准曲线计算未知样品的浓度，以达到准确定量文库浓度。由于其特异性引物仅会定量两端接头连接完整的文库，可排除单端或双端都不连接接头的不可测序文库的干扰，因此qPCR法作为文库定量的金标准，准确性**。
文库定量时，Qubit定的是样本中所有核酸dsDNA的浓度（以dsDNA为例），包含未连接接头的dsDNA片段，不能很好地体现出文库中有效文库的实际浓度，其结果一般不作为终浓度用于上机。而qPCR仅测定标准结构的文库序列，非标准结构序列占比较大会导致Qubit测定值高于qPCR浓度值。
基于紫外分光光度的测定方法相对不够精准定量，更适用于检测提取后核酸的浓度。Qubit检测的**度略低，但快速的检测流程和包含的定量软件使其成为文库常规定量的理想选择。基于qPCR的检测方法的**度更高，是目前业内进行文库定量*推荐的方法，适用于测量珍贵样本以及文库上机pooling前的精准定量。
