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Tn-Seq 转座子测序技术服务

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Tn-seq转座子测序技术服务

对基因功能的了解落后于基因发现阻碍了我们对微生物表型遗传基础的理解。 大规模并行测序与传统的转座子诱变相结合的转座子测序(Tn-seq),可以以高通量的方式鉴定推定的基因功能。

转座子测序需要构建一个转座子插入文库,其中大多数或所有非必需基因(non-essential genes)都包含插入物,然后在特定的体外或体内(宿主感染)条件下培养。通过测序确定实验的开始和结束时种群中每个突变体的相对频率。从这些数据可以量化每个基因在每种情况下的适应性贡献,分析出哪些基因是必需基因(essential genes)及推测基因与特定表型的相关性。例如,通过比较突变丰度来鉴定抗生素抗性基因。

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沃森服务流程

沃森生物提供的转座子测序服务接收构建好的突变体库菌体样本,或提取好的突变体库菌体基因组DNA,进行NGS建库测序及后续的分析工作。

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数据分析流程

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结果案例

转座子库插入可视化

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GO功能聚类分析

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KEGG功能聚类分析图片6.png


具体请咨询:郭 19906716156


参考文献

[1] Tim van Opijnen, et al. Tn-seq: high-throughput parallel sequencing for fitness and genetic interaction studies in microorganisms. Nature methods, 6, 767-772 (2009).

[2] Tim van Opijnen, Andrew Camilli. Transposon insertion sequencing:  a new tool for systems-level analysis of microorganisms. Nature Reviews, 11, 435-442 (2013).

[3] Michael C. Chao, et al. The design and analysis of transposon insertion sequencing experiments. Nature Reviews, 14, 119-128 (2016).

[4] Larry A. Gallagher. Methods for Tn-Seq Analysis in Acinetobacter baumannii. Methods in Molecular Biology, 1946, 115-134 (2019).

[5] Andrew K. Fenton, et al. CozE is a member of the MreCD complex that directs cell elongation in Streptococcus pneumonia. Nature Microbiology, 2, 16237 (2016).

[6] Almudena Gonzalez-Mula, et al. The biotroph Agrobacterium tumefaciens thrives in tumors by exploiting a wide spectrum of plant host metabolites. New Phytologist, 222: 455–467(2019).


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