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TIANGEN mNGS样本提取方案,助力精准病原微生物检测
来源: | 作者:沃小森 | 发布时间: 2023-04-12 | 610 次浏览 | 分享到:

TIANGEN mNGS样本提取方案,助力精准病原微生物检测

    背景:

    分子诊断技术特别是病原宏基因组检测技术(mNGS),在传统病原体诊断、未知新发病原体鉴别、复合感染诊断、耐药诊断、评估人体反应和抗感染疗效评价等方面具有良好应用前景,为感染性疾病的防控提供了重要手段,也促进了临床诊断能力的提升。


    mNGS可对患者样品中的微生物和宿主遗传物质(DNA和RNA)进行全面分析,并逐渐由实验室转移至临床应用,作为医生鉴别诊断的部分依据,为客观诊断提供支持。临床实验室中实施mNGS检测,因其含有多种微生物信息,且不乏正常菌群、污染微生物及背景微生物,为*终结果的判读带来挑战。而试剂盒中背景微生物的控制有助于背景微生物数据库的建立,能有效助力mNGS结果的客观判读。

TIANGEN mNGS样本提取方法:

TIANGEN mNGS样本提取方案:

TANMicrobe磁珠法病原微生物DNA/RNA提取试剂盒NG550,背景核酸有效防控的小量样本病原核酸高效提取,助力精准病原微生物检测!


实验数据:

使用5个批次的TIANGEN病原微生物提取试剂盒(S1-S5)及3款对照试剂盒(C1-C3)提取8 ng的模拟宿主(Arachis hypogaea)基因组DNA,取1 ng 所得DNA使用TIANSeq DirectFast Library Kit(NG101)构建测序文库, illumina平台Paired-End 150测序,每批试剂盒设置2个平行。所得数据经质控、过滤宿主序列后,进行物种注释。bowtie2比对病原数据库,统计比对reads数量, 计算对应RPM值。

1.有效的背景微生物核酸控制

图1. 背景微生物核酸RPM值差异显著性分析

计算5批次TIANGEN试剂盒提取建库样本(S1-S5)和3个对照试剂盒提取建库样本(C1-C3)中各种背景微生物RPM均值,采用非参数Wilcoxon检验,P-value<0.001,呈现极显著差异。结果表明TIANGEN S1-S5样本中PRM值显著低于对照试剂盒C1-C3。


2. 良好的产品稳定性

图2. TIANGEN S1-S5样本常见病原微生物RPM均值Wilcoxon检验,采用非参数Wilcoxon检验,对TIANGEN S1-S5样本数据中12种潜在背景病原微生物RPM均值的差异显著性检验。结果显示,S1-S5样本间P-value>0.05,无显著差异。表明TIANGEN试剂盒在背景菌控制上表现出了良好的产品稳定性。


图3.常见背景病原微生物RPM均值比较

分析比较TIANGEN试剂盒所提取建库的核酸样本(S1-S5)和对照试剂盒所提取建库的核酸样本(C1-C3)中12种潜在背景病原微生物RPM均值。结果显示,S1- S5中E. coli、 P.Aeruginosa、S. maltophilia较C1-C3组RPM均值降低。



TANMicrobe磁珠法病原微生物DNA/RNA提取试剂盒(NG550)


产品简介

本试剂盒采用具有独特分离作用的磁珠和独特的缓冲液系统,从血清、血浆、淋巴液、尿液、胸腹水、肺泡灌洗液、脑脊液、唾液、拭子、组织、粪便、痰液、无细胞体液、细胞培养上清液或各种病毒保存液中分离纯化高质量病原微生物DNA/RNA。独特包埋的磁珠,在一定条件下对核酸具有很强的亲和力,而当条件改变时,磁珠释放吸附的核酸,能够达到快速分离纯化核酸的目的。提取的DNA/RNA得率高、纯度高、质量稳定可靠。使用本试剂盒纯化的核酸可适用于各种常规操作,包括反转录、PCR、RT-PCR、荧光定量PCR、NGS等各种下游实验。


产品特点

样本广泛:适用于血浆各种体液样本、组织悬浮液、拭子等样本。

共提取:可同时提取病原微生物的DNA和RNA

高效快速:1 h即可完成整个流程。

高通量:可整合磁棒法自动化仪器或移液法自动化仪器进行高通量提取实验。

杭州沃森生物作为天根生化浙江企业代理商,为大家提供全线天根分子生物学产品及其他多样化合作方式,如有需要,欢迎联系:0571-86495259


订购信息:

产品名称

货号

规格

TANMicrobe磁珠法病原微生物DNA/RNA提取试剂盒

NG550

100次/盒

TIANMicrobe磁珠法大体积病原微生物DNA提取试剂盒

NG530

100次/盒

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