10μm高精度细胞地图-更高的灵敏度、更高的分辨率

技术介绍

空间转录组学是活跃的研究热点，2020年，该技术被Nature Methods评为年度技术方法之后，2022年，又上榜《Nature》年度值得年度关注的七大榜单技术。

Celatlas Space是赛图基因基于“微球铺设”空间编码技术开发的高分辨率空间转录组测序技术，可检测组织不同位置细胞中的基因表达信息，基因检出效率行业领先，在癌症、免疫、神经和发育等领域有着令人期待的应用前景。

技术原理

Celatlas Space一张玻片对应1-4个捕获区域，每个捕获区域大小为6×6mm/10×10mm，并密集分布约36万/100万个10μm直径的捕获位点，相邻捕获位点中心距离10μm（空间分辨率），每个位点上合成1种barcode，通过芯片解码确定序列的物理坐标位置，利用poly(dT)来捕获组织切片的mRNA，从而进行建库测序和空间基因表达数据生成。

空间组学产品

Celatlas Space ，是赛图基因自研自产的高分辨、高灵敏的空间组学一站式解决方案，产品包括透化芯片及透化试剂盒，基因表达芯片及建库试剂盒，微型全自动荧光显微镜以及生信分析软件。

实验流程

1.组织透化优化流程

透化芯片上载有核苷酸捕获探针，与组织切片结合后通过探针原位抓取组织内的mRNA分子，再利用带有荧光标记的核苷酸进行cDNA合成。研究人员通过荧光显微成像可以快速判断特定组织的*佳透化时间。

2.空间转录组工作流程

组织表达芯片上载有具有空间坐标信息的捕获探针，与组织切片结合后通过探针原位捕获组织内的mRNA分子并进行cDNA合成。研究人员通过NGS测序和配套的可视化分析工具，可获取特定样本10 μm分辨率下的空间基因表达模式信息。

样本要求

技术优势

数据展示

1.透化条件优化

不同组织所需透化时间不同，正式实验前需进行透化条件测试。以脑组织为例测试不同透化时长，以组织形态完整，荧光值*强且无弥散为*佳透化时间的判断标准作为正式建库实验的透化条件。

2.小鼠脑空间基因表达

在10μm空间分辨率下，UMI中位数可达422，基因中位数高达337。将基因表达信息与组织切片的位置信息相结合，直观展示细胞类型在组织切片上的空间分布以及差异基因的空间分布。

3.生信分析流程

赛图的数据可以对接现有分析工具stereopy或scanpy，开展当前大部分主流分析。

4.基因检出性能优异

在对小鼠大脑组织样本进行的平行测试实验中，赛图基因开发的Celatlas Space平台拥有更高的灵敏度。相较现有头部商业化空间转录组学平台，同一物理分辨率（选取10×10 μm Bin）下，平均转录本检出数量提升3-87%，平均基因数提升40-67%。

应用场景

空间转录组技术可在细胞和组织水平上揭示基因表达的空间分布，揭示在特定时空维度生命活动过程的关键分子信息，被应用于生命科学领域基础研究、转化研究、病理研究、新药研发等诸多科研场景，包括但不限于辅助寻找神经退行性疾病相关的分子及其机制、构建各脏器亚细胞空间图谱以及空间发育图谱、肿瘤的免疫治疗以及为复杂病理提供空间组学方面的理解。

订购信息

赛图基因(Celatlas)成立于2022年11月，坐落于杭州市基因小镇，是一家专注于空间组学创新解决方案的生命科技企业，致力于从细胞到生物组织多维度的空间基因检测，助力数字生命研究和精准医疗诊断。公司产品包含空间组学芯片、试剂盒、微型荧光显微镜和分析软件4款产品，目前已推出国内首款10μm分辨率空间转录组学一站式解决方案。

赛图基因科技（杭州）有限公司

地址：浙江省杭州市西湖区石祥西路859号紫金创业园A座7楼

邮箱：service@celatlas.com

网址：http://www.celatlas.com

联系电话：13750815149